Erlaubt ist wohl alles, wenn es klingt. Aber es ist schwierig, Deine Frage konkret zu beantworten, weil man dazu wissen müsste, auf welchem "Niveau" Du fragst.
Wenn Du Dich mit Skalen auskennst, weißt, dass Du auf den Dur-Akkorden von I/IV/V natürlich auch äolisch, dorisch oder phrygisch mollig spielen kannst. Sind ja die gleichen Töne, nur jeweils woanders angefangen. Davon fallen einem nicht die Ohren ab, es ändert höchstens den Charakter des Stücks etwas. Wobei ich jetzt eher von Arpeggios, Läufen und Füllmaterial spreche. Natürlich wäre es Quatsch, die II als Bassgrundton zu nehmen, während die Band ionisch auf der I unterwegs ist und dann zu sagen "Das darf ich, das ist dorisch"!
Wenn Du Dich noch nicht mit Skalen auskennst: Du und andere Instrumente können durchaus zur gleichen Zeit Moll und Dur spielen. Schau Dir mal an, wie eine Moll-Pentatonik aussieht und dann spiel zu einem Stück in C-Dur die A-Moll-Pentatonik, und wenn es nur zum Ausdudeln nach dem Schlussakkord ist. Klingt top! Du kannst Dir auch die Bluestonleiter anschauen, die davon lebt, dass die scharfe Grenze zwischen Dur und Moll verwischt und sowohl kleine wie große Terz gespielt wird, bzw. man nacheinander da durchhuscht (II/bIII/III) oder mit Bending beides abfasst.
Was nicht so schlau wäre, ist C-Moll zu spielen, während die Band gerade "Hänschen Klein" in C-Dur spielt und da kein weiterer Hintergedanke ist.
Eine andere Ausnahme wären vielleicht noch Songs, die davon leben, dass sie einen bestimmten tonalen Charakter haben. Da ist die Frage dann eher, wie song-dienlich man spielen möchte. Beispiel: Einer unser Mitmusiker wollte neulich einen Uriah Heep-Song spielen (hab den Namen gerade leider nicht im Kopf). War ein etwas längeres Ding und man merkte schnell, dass man mit ionisch (normale Dur-Tonleiter) nirgendwo so richtig weiterkam. Bei näherer Betrachtung stellte sich dann auch schnell heraus, dass man es mit einer Abfolge von dorisch, phrygisch und mixolydisch zu tun hatte (ich weiß es nicht mehr genau), aber ionisch und äolisch, also "Die" Dur- und Molltonleiter, eigentlich gar nicht vorkamen. Und man merkte auch, dass das bewusst so gemacht war und dem Stück seinen Charakter gab. Da "im System" zu bleiben, ist dann auch immer ein guter Ansatz, finde ich.